최근 국세청이 종자업체의 해외채종에 대한 세금폭탄이 대한민국 종자산업 근간을 흔들고 있어 파장이 일고 있다.
(사)한국종자협회와 농우바이오 관계자에 따르면 국세청이 그동안 산업분류상 작물생산업에 속한 종자채종업을 해외채종이라는 이유로 도소매업으로 취급해 과도한 세금을 부과해 부족한 정부의 세수를 충당하려고 하고 있다는 무리수를 두고 있다. 더구나 종자채종업의 국내채종의 경우 작물생산업에 포함하면서도 해외채종의 경우에만 도소매업으로 포함하는 것은 명분에도 맞지 않는다.
국세청은 지난달 10일 국내 종자업계 1위 기업인 (주)농우바이오에게 2011년도 법인세 37억원을 부과했다. 이같이 종자업에 대해 위탁채종을 농업소득이 아닌 도매활동의 일부로 판단해 면세 조건에 해당하지 않는다는 것은 의도적인 추징으로밖에 볼 수 없다. 또 지난달 15일에는 2012년부터 2015년까지 적용된 농우바이오 농업회사법인에 대한 감면 역시 인정하지 않아 150억 원의 추가 예상 고지를 통지한 상태다.
이에 대해 종자업계는 농림축산식품부의 공식의견과 같이 위탁채종은 종자업계의 정상적인 프로세스였으며 국세청의 해석을 따른다면 살아남을 종자 기업은 없다고 주장하고 있다. 더욱이 우량품종 개발로 종자 수출을 확대하고 수입을 대체, 종자강국 실현을 뒷받침한다는 목적으로 2012년부터 정부 주도로 민관이 함께 추진하고 있는 ‘골든 시드 프로젝트’에도 큰 타격을 주는 조치라며 반발하고 있다.
아울러 이러한 조치는 정부가 기회가 있을 때마다 강조해온 각종 종자산업 육성방안, 민간육종연구단지 개발사업, 각 기업들이 투자하고 있는 R&D연구개발 사업에 찬물을 끼얹는 행위다.
지금까지 농업회사법인 종자 기업들은 종자생산 매출 소득에 대해 조세특례제한법 제68조 규정에 따라 법인세 감면을 받아왔다. 그렇지만 국세청은 위탁생산을 도매업으로 규정하고 소급 과세에 나선 것이다. 연구개발을 통해 종자를 생산․판매하는 종자기업 활동은 명백한 작물생산업이고 지금까지 인정된 관례가 한순간 도매업으로 분류돼 단순 종자도매업으로 전환하는 것은 세금을 걷기 위한 무리한 조치일 뿐이다.
향후 국세청이 지금처럼 부당하고 부정확한 해석으로 세금징수가 현실화될 경우 국내 종자산업 존립 자체가 불투명하다는 전망이다. 기업들은 연구개발에 투자할 여력을 잃고 경쟁력이 약화되어 결국 국내시장을 외국 기업에 내줘야하는 불행한 사태를 초래할 수도 있다.
이에 대해 농림축산식품부는 철저하게 현황을 조사해 통계청의 산업분류가 잘못됐다는 것과 이를 통해 국세청이 무리하게 법인세를 부과했다는 점을 행정적 의견으로 정당성이 없다는 점을 지적해 줘야 한다. 특히 다른 국가들도 종자의 채종이 국제화된 것은 어제오늘의 일이 아닌 만큼 종자 채종이라는 것이 국내 채종은 작물생산업으로 인정하면서 해외채종을 도소매업으로 과중한 세금을 부과하는 것은 종자산업을 파괴한다는 점을 농식품부는 국세청에 전해야 할 것이다.
